A Inova Alegre, nasceu como iniciativa do CCAE e foi implementada como um projeto institucional. Funciona como órgão vinculado à direção do centro, mas aberto à toda a comunidade da Universidade e também à sociedade civil.
Trata-se de uma incubadora com identidade voltada para o agronegócio, mas que contempla as iniciativas inovadoras em todas as áreas aderentes aos cursos de graduação e pós-graduação ofertados pelos Centros de Ensino lotados no Campus de Alegre. A Incubadora tem como propósito manter um ambiente favorável para o desenvolvimento das empresas, visando a promoção do bem-estar social, a preservação da qualidade de vida e o desenvolvimento econômico de Alegre e região. A sua implantação visa oportunizar aos docentes, servidores técnico-administrativos e acadêmicos da UFES, bem como à toda sociedade da região, a criação e o desenvolvimento de novos negócios de base tecnológica. Adicionalmente, objetiva promover a difusão da cultura empreendedora e das tecnologias inovadoras oriundas da comunidade acadêmica.